После загадочной смерти деда Джейкоб Портман отправляется в Уэльс, где обнаруживает приют для детей с уникальными способностями, охраняемый загадочной мисс Перегрин. По мере того, как Джейкоб знакомится с жителями и узнает об их особых способностях, он обнаруживает, что безопасность — это временное состояние, поскольку надвигается мощная скрытая угроза, которая может разрушить безопасное убежище.