Желая отомстить Федерации, Нерон отправляется в прошлое. Его конкуренты Спок и Кирк объединяются, чтобы не допустить разрушения. Они отправляются в путешествие на военном корабле «Энтерпрайз». Во время пути им встретятся многочисленные опасности, которые команде корабля придется преодолевать, чтобы выжить.